继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：迭戈·卢纳 斯特兰·斯卡斯加德 吉娜薇·欧瑞丽 丹妮斯·高夫 凯尔·索列尔 阿德里娅·阿霍纳 本·门德尔森 福里斯特·惠特克 艾伦·图代克 费伊·马赛 瓦拉达·塞图 伊丽莎白·杜劳 詹姆斯·麦卡德尔 本杰明·布拉特 穆罕纳德·拜尔
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演员：莉莉·汤姆林 比利·克里斯托 蒂凡尼·哈迪斯 尼尔·帕特里克·哈里斯 泰雅·迪格斯 迈克尔·道格拉斯 杰·雷诺 丽塔·莫雷诺 丽塔·威尔逊 乔·安妮·沃利 玛莉亚·班福德 赵牡丹 罗恩·芬奇斯 布拉德·加内特 尼基·格拉瑟 丽萨·安·沃尔特 鲍比·莫尼汉 切里·奥特莱 罗伯·里格尔 杰夫·鲁斯 J·B·斯穆夫 托尼·海尔 乔恩·拉威茨 娜塔莎·赖格罗 马克西姆·奇梅尔科夫西基
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